Ihre Ursprünge liegen im Dunkeln. Im Jahr 1100 findet sich die Burg urkundlich zuerst erwähnt, als sie der Speyerer Bischof Johann I. aus seinem Familienerbe zusammen mit der Kästenburg dem Erzstift vermachte. Funde bezeugen, dass man die Felsbarre schon seit der späten Bronzezeit (1200 – 950 v. Chr.) als Rückzugsort aufsuchte. Eine dauerhafte Befestigung entstand aber wohl erst im 10. Jahrhundert als Reaktion auf die Ungarneinfälle.

Im 12. Jahrhundert gelangte die Meistersel in königliche Hand und wurde als Lehen an Reichsministeriale – ritterliche Dienstleute – vergeben. Der von der Burg beherrschte Passweg in das Queichtal stellte die kürzeste Verbindung zwischen Speyer, der 1148 gegründeten Zisterzienserabtei Eußerthal und dem Trifels dar. Einen Einschnitt in der Geschichte bedeuteten die Wirren des Interregnums (1250 – 1273), der „königslosen Zeit“ nach dem Tod des letzten Stauferkaisers Friedrich II. Wie manch andere Burg wurde vielleicht auch die Meistersel zerstört. Jedenfalls wurde sie mit der Verlehnung an die mächtigen Herren von Ochsenstein bis um 1300 von Grund auf erneuert. Damals entstand die im Kern bis heute erhaltene Anlage.

Später zwangen wirtschaftliche Schwierigkeiten zur Aufteilung der Burg, so dass sich um 1400 bis zu acht Ganerben (Mitbesitzer) finden, die gemeinschaftlich in die Instandsetzung und den Ausbau der Burg investierten. Zu den bedeutendsten Anteilsnehmern gehörten neben den Pfalzgrafen die Speyerer Bischöfe aus dem Geschlecht der Herren von Helmstadt. Ebenso wie die Landschad von (Neckar) Steinach und Herren von Hirschhorn gehörten sie zum Kreis des pfalzgräflichen Hofadels der auch auf der Burg Meistersel den Einfluss der aufstrebenden Kurpfalz vertrat. Das Interesse der Ganerben richtete sich vorzugsweise auf die Einkünfte aus der Burgherrschaft, während man den Unterhalt zunehmend vernachlässigte. Als die Meistersel dann im Bauernkrieg 1525 von Aufständischen geplündert wurde, war die Burg kaum noch bewohnt. Man gab sie einfach auf.

Jahrhunderte vergingen, bis die romantische Naturbegeisterung der bürgerlichen Epoche die zerfallenen Ruinen auf der hoch aufragenden Felsbarre als großartigen Aussichtspunkt über das Bergland um den Trifels wiederentdeckte. Nachdem den letzten Resten der Einsturz drohte, entschloss sich das Land Rheinland-Pfalz zur umfassenden Instandsetzung. 2013 – 2019 wurden Mauerwerke und Felsüberhänge gesichert sowie die bis dahin weitgehend unter Trümmern verborgene Unterburg archäologisch freigelegt. Eine moderne Brücke ermöglicht nun wieder die historische Zuwegung über den Halsgraben.